En este lugar existía desde antiguo una iglesia dedicada a San Miguel. En 997 el lugar, con la iglesia, fue cedido por los condes de Barcelona Ramón Borrell y Ermessenda de Carcasona a Gombau de Besora, señor del cercano castillo de Montbui. Este personaje fundó el monasterio, del que ya consta su existencia en 1006. El mismo fundador proveyó el nuevo monasterio con importantes bienes y derechos para asegurar su subsistencia.

El mismo fundador cedió más tarde el monasterio de Sant Miquel a Sant Víctor de Marsella (1042), pasando desde ese momento a ser un priorato dependiente de la abadía provenzal. Era una establecimiento de reducidas dimensiones y en el siglo XV sólo tenía uno o dos monjes, además cuidaban de la cercana iglesia de Sant Martí, fuera del recinto monástico.

En 1567 se secularizó y el lugar pasó a manos del obispado de Girona que lo mantuvo bajo su cuidado conservando el priorato, al menos de forma nominal hasta el 1832. A finales del siglo XVI se hizo el camino que lleva a la gruta donde se encuentra el monasterio, que hasta ese momento tenía un acceso difícil. Fue expropiado en 1835 y pasó a manos de particulares. Modernamente el lugar se convirtió en una atracción turística, basada en su situación en un paraje singular.